当朝廷需要调兵打仗时，由都督府指定的总兵官统领军队，这些士兵就脱离了原来的卫所军官，而总兵官则向朝廷任命的统帅负责。
而且一般战事征召，几乎都是因为出现了问题才会如此，这就导致没了训练磨合的时间。
这样会造成将军对士兵的不熟悉，士兵不听将军指挥，谁都不服谁，战斗力大大减弱。
在嘉靖三十四年，一股五十三人组成的倭寇，横行浙、皖、苏三省，如入无人之境，甚至明目张胆的攻打当时明朝陪都南京城，还杀伤明军三四千人。
卫所兵却如同纸糊的一般，一戳就破，你就用人堆也消灭了这几十人的小部队，可结果却让人大跌眼镜，这放在如今的明初简直就是不可想象。
要是谁跟朱元璋说，后来的大明因为卫所制度出现了这种情况，他会信？
即便是百姓，官吏，也绝不会相信有这样的事情发生。
可是，他偏偏在历史上，就这么发生了，如同天方夜谭，却又真实无比。
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其实纵观历史，对于屯田制的弊端朱元璋也有所了解，卫所制度的隐患，也曾思考过。
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