后来魏允贞因为议论朝廷、违背辅臣意思而遭到皇帝责备时，李三才抗旨为他申辩，结果被贬为东昌推官。
贬出京城后，历任南京礼部郎中、山东佥事、河南参议、南京通政参议、大理少卿等职。
万历二十七年，以右佥都御史总管漕运，巡抚凤阳各府，期间数次上疏陈明矿税之害，并裁抑矿税使。以治理淮河有功，加官至户部尚书。
万历三十八年，有朝臣想要引李三才入内阁，由此诽谤他的言论四起。
东林党人极力为其辩护，从而形成党争。
万历三十九年，引退回家，万历四十三年，遭御史弹劾，被贬为平民。
天启元年，朝廷因缺少人经略辽东，想要起用他，但因朝臣争论不休而搁置。
天启三年时，终于被起用为南京户部尚书，未及上任即去世，享年七十一岁。
另需要注意的是，李三才祖籍陕西临潼县任村里，侨居顺天府通州张家湾，可见其家庭还是很富裕的，否则也很难搬到京畿附近，还是在通州。
由此，后世许多人认为其在总管漕运时有严重贪腐，其实并不意外。
可以说，李三才家族很大可能就是漕运的获利集团中的一员。
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